El Negociado de Investigaciones Especiales tiene el deber de desarrollar y aplicar técnicas especializadas en el campo de la investigación criminal, realizar investigaciones, estudios e intervenciones que requieran alto grado de peritaje e identificar tendencias, situaciones de riesgo y posibles áreas de vulnerabilidad en la lucha contra la corrupción gubernamental y el crimen organizado, con el propósito primordial de defender a los ciudadanos y fortalecer la confianza del pueblo en la justicia.